StringクラスのreplaceAllでマルチラインを適用するには、(?m)を使う。

javaです。
StringクラスのreplaceAllでマルチラインを適用して正規表現の置き換えをする方法です。

Pattern (Java Platform SE 6)

埋め込みフラグ表現 (?m) 

を使います。